LOEWE Zentrum für
Insektenbiotechnologie
& Bioressourcen

Thomas Degenkolb

PD Dr. habil.

Gruppenleiter

Telefon: +49 641 99-37651

E-Mail: thomas.degenkolb@ernaehrung.uni-giessen.de

Raum: B029

Gebäude: IFZ

Kurzlebenslauf

05/2013

Lehraufenthalt an der Landwirtschaftlichen und Veterinärmedizinischen Universität Iași (Rumänien). ERASMUS-Dozentenmobilität
08–09/2011 Lehr- und Forschungsaufenthalt am Department of Systems Biology, Technical University of Denmark (DTU). Arbeiten zur Antibiotikabildung unter in vivo-Bedingungen. Gastdozent im Kurs: Analytical Microbial Natural Product Chemistry
20.07.2011 Verleihung der Lehrbefugnis für „Bioanalytik und Angewandte Mikrobiologie“ sowie Ernennung zum Privatdozenten durch den Fachbereich Agrarwissenschaften, Ökotrophologie und Umweltmanagement der JLU
15.06.2011 Habilitation am Fachbereich Agrarwissenschaften, Ökotrophologie und Umweltmanagement der JLU. Thema der Habilitationsschrift: „Isolierung und Strukturaufklärung peptidischer und niedermolekularer bioaktiver Naturstoffe mittels LC/ESI-MS und GC/MS“. Thema des Habilitationsvortrages: „Mykotoxine – Relevanz und bioanalytische Aspekte“
04/2008–heute Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Professur für Angewandte Entomologie (Prof. Dr. Andreas Vilcinskas), Institut für Phytopathologie und Angewandte Zoologie (IPAZ) der JLU
03/2005–03/2008 Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Professur für Lebensmittelwissenschaften (Prof. Dr. Hans Brückner), Institut für Ernährungswissenschaft der Justus-Liebig-Universität Gießen (JLU). Sequenzierung und Strukturaufklärung von Polypeptidantibiotika (Peptaibiotika) aus Trichoderma/Hypocrea sp. mittels LC-gekoppelter Ion Trap-ESI-MSn. Stipendiat der Studienstiftung Mykologie, Köln
05/2007–07/2009 Förderung der Arbeiten durch ein Habilitationsstipendium der Erwin-Stein-Stiftung
06/2003–12/2003 Postdoktorandenstelle zur Analytik proteinogener und posttranslational modifizierter Aminosäuren (Hydroxy- und Phospho-Aminosäuren) mittels LC-ESI-MS/MS unter Verwendung geeigneter Vorsäulen-Derivatisierungen am Biotechnologisch-Biomedizinischen Zentrum (BBZ) der Fakultät für Chemie und Mineralogie, Universität Leipzig
06/2000–05/2003 Postdoktorandenstelle zur Sekundärmetabolitenanalyse in Arabidiopsis thaliana mittels LC-gekoppelter ESI-QqTOF-MS/MS und GC/EI-MS am Leibniz-Institut für Pflanzenbiochemie (IPB), Halle/Saale
04/1997–05/2000 Dissertation am Hans-Knöll-Institut für Naturstoff-Forschung Jena (HKI) zum Thema: „Kofermentation heterologer Mikrooganismen als Quelle neuer Naturstoffe“, AG Prof. Dr. Udo Gräfe; Prädikat: „magna cum laude“ (11/2000). Promotionsstipendium der Studienstiftung des Deutschen Volkes
10/1991–01/1997

Studium der Biologie an der Biologisch-Pharmazeutischen Fakultät der Friedrich-Schiller-Universität Jena; im Zeitraum von 01/1995 – 06/1995 als Teilnehmer des ERASMUS-Programms an der School of Biological Sciences, Victoria University of Manchester (Großbritannien)

Diplomarbeit: „Kinetik der Antibiotikabildung bei Bacillus licheniformis Stamm S 92“, Prädikat: „sehr gut“ (01/1997)

Forschungsinteressen

LC/MS-basierenden Screening nach bioaktiven Wirkstoffen aus Insekten, Arthropoden u. a. Invertebraten sowie den mit ihnen assoziierten Mikroorganismen; massenspektrometrisch-chemische Untersuchung/Charakterisierung der gefundenen bioaktiven Wirkstoffe.

Bioaktive Metaboliten aus fungicolen, nematophagen und insektiziden Pilzen. Nicht-ribosomale Peptidantibiotika (Peptaibiotika) aus Pilzen.

Patente

DE19943460 (A1) ― 2001-03-15
DEGENKOLB THOMAS [DE]; SCHLEGEL BRIGITTE [DE]; HEINZE STEPHAN [DE]; DAHSE HANS-MARTIN [DE]; MOELLMANN UTE [DE]; GRAEFE UDO [DE]
New fermentatively produced lipopeptide mixture useful for control of bacterial and fungal infections in medicine and plant protection and as antitumor agent.

Publikationen

Degenkolb T, Götze L, von Döhren H, Vilcinskas A, Brückner H (2016) Sequences of stilboflavin C: Towards the peptaibiome of the filamentous fungus Stilbella (= Trichoderma) flavipes. Journal of Peptide Science, in press
Degenkolb T, Vilcinskas A (2016) Metabolites from nematophagous fungi and nematicidal natural products from fungi as an alternative for biological control. Part I: metabolites from nematophagous ascomycetes. Applied Microbiology and Biotechnology, 100 (9) , 3799–3812.
Degenkolb T, Vilcinskas A (2016) Metabolites from nematophagous fungi and nematicidal natural products from fungi as alternatives for biological control. Part II: metabolites from nematophagous basidiomycetes and non-nematophagous fungi. Applied Microbiology and Biotechnology, 100 (9) , 3813–3824.
Chaverri P, Branco-Rocha F, Jaklitsch WM, Gazis RO, Degenkolb T, Samuels GJ (2015) Systematics of the Trichoderma harzianum species complex and the reidentification of commercial biocontrol strains. Mycologia, 107 (3) , 558–590.
Degenkolb T, Nielsen KF, Dieckmann R, Branco-Rocha F, Chaverri P, Samuels GJ, Thrane U, von Döhren H, Vilcinskas A, Brückner H (2015) Peptaibol, secondary metabolite, and hydrophobin pattern of commercial biocontrol agents formulated with species of the Trichoderma harzianum complex. Chemistry and Biodiversity, 12 (4) , 662–684.
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Degenkolb T, Schöller M, Vilcinskas A (2014) Beeinträchtigung von Vorräten und Lebensmitteln durch tierische Schädlinge sowie pilzliche und bakterielle Erreger. Teil 2: Pilzliche und bakterielle Kontaminanten. ErnährungsUmschau, 61 (5) , S17–S22.
Röhrich CR, Jaklitsch WM, Voglmayr H, Iversen A, Vilcinskas A, Nielsen KF, Thrane U, von Döhren H, Brückner H, Degenkolb T (2014) Front line defenders of the ecological niche! Screening the structural diversity of peptaibiotics from saprotrophic and fungicolous Trichoderma/Hypocrea species. Fungal Diversity, 69 (1) , 117–146.
Schöller M, Degenkolb T, Vilcinskas A (2014) Beeinträchtigung von Vorräten und Lebensmitteln durch tierische Schädlinge sowie pilzliche und bakterielle Erreger. Teil 1: Tierische Schädlinge. ErnährungsUmschau, 61 (3) , S9–S12.
Röhrich CR, Iversen A, Jaklitsch WM, Voglmayr H, Vilcinskas A, Nielsen KF, Thrane U, von Döhren H, Brückner H, Degenkolb T (2013) Screening the biosphere: the fungicolous fungus Trichoderma phellinicola, a prolific source of hypophellins, new 17-, 18-, 19-, and 20-residue peptaibiotics. Chemistry & Biodiversity, 10 (5) , 787–812.
Röhrich CR, Vilcinskas A, Brückner H, Degenkolb T (2013) The Sequences of the Eleven-Residue Peptaibiotics Suzukacillins B. Chemistry & Biodiversity, 10 (5) , 827–837.
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Degenkolb T, Karimi Aghcheh R, Dieckmann R, Neuhof T, Baker SE, Druzhinina IS, Kubicek CP, Brückner H, von Döhren H (2012) The production of multiple small peptaibol families by single 14-module peptide synthetases in Trichoderma/Hypocrea. Chemistry & Biodiversity, 9 (3) , 499-535.
Röhrich CR, Iversen A, Jaklitsch WM, Voglmayr H, Berg A, Dörfelt H, Thrane U, Vilcinskas A, Nielsen KF, von Döhren H, Brückner H, Degenkolb T (2012) Hypopulvins, novel peptaibiotics from the polyporicolous fungus Hypocrea pulvinata, are produced during infection of its natural hosts. Fungal Biology, 116 (2) , 1219-1231.
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